Le traité accorda aux huguenots la liberté de culte dans toute la France, à l’exception de Paris, avec le droit de célébrer le culte calviniste dans deux villes de chaque bailliage de France et le droit d’occuper des postes publics. En garantie du traité, les huguenots obtinrent quatre places fortes : La Rochelle, Montauban, Cognac et La Charité-sur-Loire.

Après la signature du traité de Saint-Germain-en-Laye, l’amiral Coligny gagna la confiance du roi Charles IX. L’influence de l’amiral sur le roi était telle qu’il proposait sérieusement à Charles de s’engager dans une guerre contre l’Espagne pour les Pays-Bas, ce qui, dans la situation où se trouvait la France, aurait été un suicide.

Naturellement, la montée en influence de Coligny irritait tant la reine mère que la maison de Guise. L’affrontement entre catholiques et protestants en France ne faisait que s’intensifier. Compte tenu du fait que les huguenots se comportaient systématiquement selon le principe « Si tu donnes un doigt, on te prend le bras », il n’était pas difficile de deviner que la France allait connaître encore bien des événements intéressants.